Sono organi dell'Agenzia regionale di sanità:
- il Comitato di indirizzo e controllo, organo collegiale che esercita le funzioni di indirizzo dell'attività dell'agenzia
- il direttore, organo monocratico al vertice dell'agenzia
- il Collegio dei revisori dei conti, che controlla la regolarità contabile e amministrativa dell'agenzia