Il Collegio dei revisori dei conti controlla la regolarità contabile e amministrativa dell'Agenzia, relaziona sulla conformità del bilancio preventivo e di esercizio e presenta semestralmente al Consiglio e alla Giunta regionale una relazione sull'andamento della gestione amministrativa e finanziaria dell'Agenzia.

Al presidente e ai membri del Collegio dei revisori viene corrisposta un'indennità annua pari, rispettivamente, al 3% (attualmente pari a € 3.655,78) e al 2% (attualmente pari ad € 2.437,19) dell'indennità spettante al presidente della Giunta regionale (dati rilevati da sito web Regione Toscana).

Il nuovo Collegio dei revisori dei conti è stato nominato dal Consiglio regionale con deliberazione 28 luglio 2021, n. 80 e n. 88 del 9 novembre 2022. Il Collegio dei revisori resta in carica per cinque anni. I membri del Collegio sono iscritti nel registro dei revisori contabili.